写在最开始的话
“临床”和“科研”，是相爱相杀的一对。
在临床检测中，医生和患者都希望能找到明确致病的基因突变位点，最好是有过报道的，这样才能更精确地给患者确诊。但是，在科研检测中，检测到已知的致病位点是发不了文章的。求稳求准的临床和求新求变的科研，是一对矛盾体。
如果没有人愿意做科研，就不能让更多的致病位点被发现，也就不能在之后让更多的患者被确诊。同样，如果不能让患者受益，单纯的做科研也就失去了它的意义。临床和科研，又是一对共同体。
科研“旭”述，从康旭的角度与你谈论做科研的那些事儿。
耳聋科研
前面两期介绍了AD和AR遗传的单基因遗传病科研思路。耳聋作为一种单基因病，思路也是通用的。写这篇文章有两个目的：
（1）再次叙述科研可以怎么做；
（2）谈谈发现了新的耳聋致病基因，能发几分的SCI？大家可以对比手中的材料，看看科研做到什么程度大概能发到多少分。先剧透结论，临床做科研，发2-4分比较普遍。还想发更高分的文章，就需要补充基础研究数据了。
思路一：单个大家系
（年发表，影响因子2.0）
医院耳鼻喉科就诊的一个大家系，4人是耳聋患者。对健在的3人及名健康人对照进行mtDNA测序。
家系患者特有的36个变异，经生信分析发现仅m.TC和m.CT高度保守。实验部分，先对患者进行GJB2和SLC26A4两个常见耳聋致病基因的检测，排除其他致病原因。再对携带这两个mtDNA突变的细胞系和对照严样本进行ATP分析、MMP测量和活性氧测量，发现ATP活性下降30%，MMP含量显著下降，ROS产生增加。
结论：m.TC和m.CT导致该家族耳聋。
（年发表，影响因子3.9）
巴基斯坦一个耳聋大家系，5个耳聋患者，III3和III4是近亲。对III代和IV代的4个患者做全外显子实验。生信分析发现五个已知耳聋基因GJB2、SLC26A4、CDH23、KCNQ4和MPDZ的致病变异，在这几个患者中存在不同的组合方式。先证者(IV:2)是MPDZ罕见错义变异c.TC,p.(ValAla)纯合和GJB2c.GA,p.(Trp77*)，SLC26A4c.AG,p.(GlnArg)和CDH23c.CT,p.(ProLeu)杂合。III:3和IV:3是KCNQ4c.GA,p.(ValMet)杂合。其他人情况类似，拥有不同的致病基因组合。
结论：本文展示了耳聋家族极端遗传异质性的证据，一个家族中同时存在多种已知致病基因的罕见变体。
（年发表，影响因子9.0）
与年龄有关的听力损失普遍存在但研究不明确，对以色列一个大家系58人（小编想问上哪儿能找到这种家系？）进行全基因组连锁分析。
发现个微卫星标记中只有D9S的lod得分3.0，该区域与染色体9p13.3-q21.13从38.MB到79.MB(hg19)完美连锁。该区域包含80多个已知基因，包括跨膜通道基因TMC1(MIM)。经测序，TMC1和其他20个基因均不含致病突变，因此考虑检测拷贝数变异。经NimblegenHD2的arrayCGH检测，发现了kb的基因组重复。重复包括紧密连接蛋白TJP2的整个基因座，其跨越位置71,,至71,,(hg19)。
继续实验，用定量RT-PCR检测Tjp2转录本在小鼠内耳E16.5、P0、1周、1个月、3个月和9个月时的表达。再用石蜡包埋切片的免疫组化评估不同年龄小鼠内耳中Tjp2蛋白的定位。之后再进行一些其他实验和分析，最终将目标锁定在Tjp2基因上。
思路二：大样本量回顾
（年发表，影响因子3.3）
医院，-年共招募名12岁以下耳聋患者，进行个基因panel检测(含线粒体)检测，或进行22个基因个热点突变检测并对结果进行统计。
（年发表，影响因子3.5）
上海交通医院，回顾了名耳聋患者的听力筛查和GJB2基因情况。二代测序是含有个基因的panel，CNV变异使用CNVkit和ExomeDepth分析。
结论：GJB2突变占中国汉族耳聋患者致病原因的25%以上。
思路三：其他情况
（年发表，影响因子2.9）
四川大学华西二院，对一名5岁的耳聋女孩进行个基因panel和mtDNA测序，发现其含有USH2A基因c.-2AG和c.delT复合杂合，前者有文献报道，后者没有文献报道。女孩的父母均是杂合携带者。基于此，对这对夫妇的胎儿羊水样本进行产前诊断，发现其携带c.delT而不携带c.-2AG变异。在胎儿出生后9个月进行随访，证实该婴儿是健康的。
拓展阅读单基因遗传病科研之家系样本AD遗传
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